ولادت آن حضرت در روز اول ذیقعده سال 173 هجرى قمرى در مدینه منوره واقع شده است. دیرى نپایید که در همان سنین کودکى مواجه با مصیبت شهادت پدر گرامى خود در حبس هارون در شهر بغداد شد. از آن پس تحت مراقبت و تربیت برادر بزرگوارش حضرت على بن موسى الرضا قرار گرفت.  

سرچشمه دانش

حضرت معصومه در خاندانی که سرچشمه علم، تقوا و فضایل اخلاقی بود، پرورش یافت. پس از آنکه پدر بزرگوار آن بانوی گرامی به شهادت رسید، حضرت رضا عهده دار امر تعلیم و تربیت خواهران و برادران خود شد .

در اثر توجهات زیاد آن حضرت، هر یک از فرزندان امام کاظم به مقامی والا دست یافتند و زبانزد همگان گشتند.
بدون تردید بعد از حضرت رضا در میان فرزندان امام کاظم (ع)، حضرت معصومه از نظر علمی و اخلاقی، والامقام ترین آنان است. این حقیقت از اسامی، لقبها، تعریفها و توصیفاتی که ائمه اطهار از ایشان نموده اند، آشکار است و این حقیقت روشن می سازد که ایشان نیز چون حضرت زینب "عالمه غیر معلمه" بوده است. 

مقام علمی حضرت معصومه (س)

حضرت معصومه از جمله بانوان گرانقدر و والا مقام جهان تشیع است و مقام علمی بلندی دارد. نقل شده که روزی جمعی از شیعیان، به قصد دیدار حضرت موسی بن جعفر (ع) و پرسیدن پرسش هایی از ایشان، به مدینه منوره مشرف شدند. چون امام کاظم در مسافرت بود، پرسش های خود را به حضرت معصومه که در آن هنگام کودکی خردسال بیش نبود، تحویل دادند. فردای آن روز برای بار دیگر به منزل امام رفتند، ولی هنوز ایشان از سفر برنگشته بود. پس به ناچار، پرسش های خود را باز خواستند تا در مسافرت بعدی به خدمت امام برسند، غافل از این که حضرت معصومه جواب پرسش ها را نگاشته است. وقتی پاسخ ها را ملاحظه کردند، بسیار خوشحال شدند و پس از سپاسگزاری فراوان، شهر مدینه را ترک گفتند. از قضای روزگار در بین راه با امام موسی بن جعفر مواجه شده، ماجرای خویش را باز گفتند. وقتی امام پاسخ پرسش ها را مطالعه کردند، سه بار فرمود: پدرش فدایش.

القاب حضرت معصومه

به طور کلی، سه زیارت نامه برای حضرت معصومه ذکر شده که یکی از آن ها مشهور و دو تای دیگر غیر مشهور است.

طاهره (پاکیزه)،  حمیده (ستوده)؛ بِرّه (نیکوکار)؛ رشیده (حد یافته)؛ تقّیه (پرهیزگار)؛ رضیه (خشنود از خدا)؛ مرضیه (مورد رضایت خدا)؛ سیده صدیقه (بانوی بسیار راستگو)؛ سیده رضیه مرضیه (بانوی خشنود خدا و مورد رضای او)؛ سیدة نساء العالمین (سرور زنان عالم). همچنین محدثّه و عابده از صفات و القابی است که برای حضرت معصومه عنوان شده است.

محبت و مباهات حضرت معصومه به امام هشتم

مدت 25 سال تمام، حضرت رضا تنها فرزند نجمه خاتون بود. پس از یک ربع قرن انتظار، سرانجام ستاره ای تابان از دامان نجمه درخشید که هم سنگ امام هشتم بود و امام توانست والاترین عواطف انباشته شده و در سودای دلش را بر او نثار کند. بین حضرت معصومه و برادرش امام رضا عواطف سرشار و محبت شگفت انگیزی بود که قلم از ترسیم آن عاجز است. در یکی از معجزات امام کاظم که حضرت معصومه نیز نقشی دارد، هنگامی که نصرانی می پرسد: شما که هستید؟ می فرماید: «من معصومه، خواهر امام رضا هستم». این تعبیر، از محبت سرشار آن حضرت به برادر بزرگوارش و نیز از مباهات ایشان به این خواهرو برادری سرچشمه می گیرد.

فضیلت بی نظیر 

شیخ محمد تقی تستری، در قاموس الرجال، حضرت معصومه را به عنوان بانوی اسوه معرفی کرد و فضیلت وی را در میان دختران و پسران حضرت موسی بن جعفر، غیر از امام رضا بی نظیر دانسته است. وی در این زمینه چنین می نویسند:  «در میان فرزندان امام کاظم بعد از امام رضا کسی هم شأن حضرت معصومه نیست».  بی گمان این گونه اظهار نظرها و نگرش به شخصیت فاطمه دختر موسی بن جعفر بر برداشتهایی استوار است که از متن و روایات وارده از ائمه اطهار به دست آمده است. این روایت ها، مقام هایی را برای فاطمه معصومه برشمرده اند؛ مقامی که نظیر آن، برای دیگر برادران و خواهران وی ذکر نکرده اند و به این ترتیب، نام فاطمه معصومه درشمار زنان برتر جهان قرار گرفته است.

هجرت

در سال 200 هجرى قمرى در پى اصرار و تهدید مأمون عباسى سفر تبعید گونه حضرت رضا به مرو انجام شد و آن حضرت بدون اینکه کسى از بستگان و اهل بیت خود را همراه ببرند راهى خراسان شدند.

یکسال بعد از هجرت برادر، حضرت معصومه به شوق دیدار برادر و ادای رسالت زینبی و پیام ولایت به همراه جمعی از برادران و برادرزادگان به طرف خراسان حرکت کرد و در هر شهر و محلى مورد استقبال مردم واقع مى شد.

این جا بود که آن حضرت نیز چون عمه بزرگوار خود حضرت زینب، پیام مظلومیت و غربت برادر گرامیشان را به مردم مؤمن و مسلمان مى رساند و مخالفت خود و اهل بیت را با حکومت حیله گر بنى عباس اظهار مى کرد.

بدین جهت تا کاروان حضرت به شهر ساوه رسید عده اى از مخالفان اهل بیت که از پشتیبانى مأموران حکومت برخوردار بودند، سر راه آنها را گرفتند و با همراهان حضرت وارد جنگ شدند، در نتیجه تقریباً همه مردان کاروان به شهادت رسیدند، حتى بنابر نقلى حضرت معصومه را نیز مسموم کردند.

به هر حال ، یا بر اثر اندوه و غم زیاد از این ماتم و یا بر اثر مسمومیت از زهر جفا، حضرت فاطمه معصومه بیمار شد و چون دیگر امکان ادامه راه به طرف خراسان نبود قصد شهر قم را نمود. پرسید: از این شهر(ساوه) تا قم چند فرسنگ است؟ آن چه بود جواب دادند، فرمود: مرا به شهر قم ببرید، زیرا از پدرم شنیدم که مى فرمود: شهر قم مرکز شیعیان ما است. بزرگان شهر قم وقتى از این خبر مسرت بخش مطلع شدند به استقبال آن حضرت شتافتند و در حالى که موسى بن خزرج بزرگ خاندان اشعرى زمام ناقه آن حضرت را به دوش مى کشید و عده فراوانى از مردم پیاده و سواره گرداگرد کجاوه حضرت در حرکت بودند،  23 ربیع الاول سال 201 هجرى قمرى حضرت وارد شهر مقدس قم شدند.

 سپس در محلى که امروز «میدان میر» نامیده مى شود شتر آن حضرت مقابل منزل موسى بن خزرج زانو زد و افتخار میزبانى حضرت نصیب او شد.

وفات

آن بزرگوار به مدت 17 روز در این شهر زندگى کرد و در این مدت مشغول عبادت و راز و نیاز با پروردگار متعال بود.

محل عبادت آن حضرت در مدرسه ستیه به نام بیت النور هم اکنون محل زیارت ارادتمندان آن حضرت است.

سرانجام در روز دهم ربیع الثانى سال 201 هجرى، پیش از آنکه دیدگان مبارکش به دیدار برادر روشن شود، در دیار غربت و با اندوه فراوان دیده از جهان فروبست و شیعیان را در ماتم خود به سوگ نشاند .

مردم قم با تجلیل بسیار پیکر پاک آن حضرت را به سوى محل فعلى که در آن روز بیرون شهر و به نام "باغ بابلان" معروف بود تشییع کردند.

پس از دفن حضرت معصومه (س) موسى بن خزرج سایبانى از بوریا بر فراز قبر شریفش قرار داد تا اینکه حضرت زینب فرزند امام جواد به سال 256 هجرى قمرى اولین گنبد را بر فراز قبر شریف عمه بزرگوارش بنا کرد و بدین سان تربت پاک آن بانوى بزرگوار اسلام قبله گاه قلوب ارادتمندان به اهلبیت و دارالشفای دلسوختگان عاشق ولایت و امامت شد.